Vakufi u BiH su u proteklim periodima zbog utjecaja raznih društevno političkih sistema preživljavali izuzetno teške trenutke. Vakuf si bili oduzimani, uništavani, mijenjana im je namjena. Činjeno je sve da se vakufi izbrišu i da se njihova svrha umanji.
Posljedna agresija u BiH je također utjecala da se određeni vakufi stave u zaborav. Usljed agresorskog rata i protjerivanja Bošnjaka, te nakon procesa povratka i dolaska novih generacija Bošnjaka koje su stasale pojavljuje se problem nedostatka informacija i znanja o lokacijama pojedinih vakufa i kao i informacija o njihovom stanju. Posebno kada se radi o starim vakufima.
Vakufska direkcija u saradnji sa medžlisima unazad nekoliko godina provodi aktivnosti na identifikaciji takvih vakufa u vezi kojih je teško naći osobu ili informaciju koja bi nas mogla dovesti do tačne lokacije vakufa. U tom kontekstu Vakufska direkcija kroz identifikaciju vakufa, te obilježavanje istih u smislu jasno utvrđenih granica vakufske imovine, sprječava da se neka vakufska čestica izgubi. Postupci utvrđivanja međnih linija nisu nimalo lahki, naročito na lokacijama kada se identifikuje vakufska nekretnina na kojoj je vidljivo da postoji uzurpacija. Nije rijedak slučaj da su vakufi čiju identifikaciju radimo u veoma lošem stanju u smislu njihove zaraslosti u korov i šiblje. Ponekad su te vakufske nekretnine u nekim dijelovima medžlisa toliko udaljene da već duže vrijeme niko nije ni prolazio tim krajem iz razloga što su Bošnjaci protjerani sa svojih ognjišta. Često su troškovi identifikacije neke vakufske nekretnine te utvrđivanje međne linije veći nego što je vrijednost nekretnine. Bez obzira na navedeno, Vakufska direkcija u saradnji sa medžlisima ima namjeru i cilj da svaku vakufsku česticu identificira sa jasno utvrđenim međnim linijama koje će biti trajno dokumentovane kako bi sljedeće greneracije mogle lahko doći to svake vakufske čestice.
Vakufska direkcija posebnu pažnju posvećuje identifikaciji na području medžlisa koji egzistiraju u RS-u. U tom kontekstu rađena je identifikacija u Gackom, Bileći, Nevesinju, Bratuncu, Srebrenici, Derventi, Rogatici i dr. mjestima gdje je ukazana potreba za navedenim poslovima. Čovjek zasigurno može osjetiti radost kada se nađe određena vakufska nekretnina i kada se utvrde međne linije iste. Radost je još veća ako je to neki objekat koji je pao u zaborav. Jedan od takvih primjera jeste i identifikacija vakufske nekretnine „Stare džamije“ u Ljubinju koju su predstavnici Vakufske direkcije i Medžlisa IZ Stolac radili prethodnih dana.
Stara džamija je izgrađena za vrijeme Osmanlijske uprave da bi bila srušena u toku II Svjetskog rata i od tada nije rađena rekonstrukcija i ista nije bila više u funkciji. Kada se priđe zidovima džamije koji još stoje sa dvije strane može se uočiti i mihrab na jednoj strani te vizuelno koncipirati tlocrt džamije. Vakufska direkcija i Medžlis IZ Stolac su završili identifikaciju vakufske imovine u Ljubinju i jedna od sljedećih zajedničkih aktivnosti bit će čišćenje te ograđivanje lokaliteta Stare džamije u Ljubinju. Slično Ljubinua postoji veliki broj vakufskih čestica na području RS-a, naročito u dijelu Istočna Hercegovina. Vakufska direkcija će i u narednom periodu u saradnji sa medžlisima nastojati svaku vakufsku česticu identificirati i trajno sačuvati informacije o njenom pložaju, historijatu i utvrditi međne linije za iste.
