Sa odlaskom Osmanskog carstva javljaju se brojni problemi u vezi vakufa. Da bi se uvelo reda u ovu situaciju Austrougarska je 1883. godine imenovala Zemaljsku vakufsku komisiju koja je upravljala vakufskim poslovima. Na ovaj način u BiH počinje da radi jedistvena vakufska administracija, koja će kao prioritetan zadatak imati da izvrši popisi svih postojećih vakufa.

Potom je 1894. godne austrougarska uprava formirala Zemaljsku vakufsku direkciju, u kojoj je kao državnoj instituciji sva vlast bila u rukama države. Iako je nova vakufska uprava funkcionirala, te je sređivala i unapređivala vakufski imetak i izvršavala namijenjeni joj zadatak, muslimani nisu bili zadovoljni s tom upravom jer u njenom radu nisu imali nikakvog učešća. Zbog tog nezadovojstva Bošnjaci su 1899. pokrenuli borbu koja je imala za cilj da se osigura autonomija u upravi tri ključna elementa neophodna za očuvanje identiteta Bošnjaka, tj. vjerskih, vakufskih i obrazovnih poslova. Austrougarska je 1909. god., nakon aneksije BIH, udovoljila ovim zahtjevima donošenjem Statuta za autonomnu upravu islamskih vjerskih i vakufsko-mearifskih poslova. Prema odredbama ovog Statuta organi upravljanja vakufima bili su Vakufsko mearifski sabor kao vrhovni autonomni i nadzorni organ za sve vakufe u BiH koga su sačinjavali 8 vjerski obrazovanih članova (reisul-ulema, vakufsko mearifski direktor i 6 mutevelija), i 24 člana biranih iz naroda. Predsjednik Sabora je bio reisul-ulema.

Nova državna tvorevina koja je nastala nakon završetka Prvog svjetskog rata jeste Kraljevina Srba, Hrvata i Slovenaca (SHS). Iako je nova država potpisivanjem međunarodnih sporazuma preuzela obaveze, između ostalog, i garancije poštivanja vjerskih prava muslimana, preduzeto je niz mjera kojim su otuđivana brojna vakufska dobra i time je ekonomski slabljen vjerski i ekonomski položaj muslimana u novoj državi. Tako je Kraljevina SHS donijela «Mjere o Agrarnoj reformi», kojima je u periodu 1918. -1939. oduzeto oko četiri miliona dunuma vakufske zemlje (4 000 000 dunuma) i dvanaest i po miliona dunuma beglučke zemlje (12 500 000 dunuma zemlje), što ukupno iznosi šesnaest i po miliona zemlje (16 500 000 dunuma zemlje - što vakufske, što beglučke), a izraženo u procentima, to bi bilo 27,6% ukupne površine BiH.

Poseban atak na vakufe i imovinu vjerskih zajednica desio se u prvim decenijama komunističke vlasti nakon drugog svjetskog rata. U poslijeratnoj Jugoslaviji nasilno je promijenjena svojinska osnova društva oduzimanjem ili ograničavanjem privatnog vlasništva. Prinudno oduzimanje vakufske imovine izvršeno je putem agrarne reforme, nacionalizacije i eksproprijacije privatnog vlasništva.

Putem nacionalizacije izvršene 1946, 1948. i 1958. ostvareno je dominantno državno, odnosno društveno vlasništvo u svim privrednim granama i u oblasti nekretnina. Zakon o nacionalizaciji privatnih privrednih preduzeća od 6. 12. 1946. sa izmjenama i dopunama od 29. 12. 1948. bio je pravni osnov za oduzimanje vakufskih mlinova, hotela, banja i sličnih ustanova. Poseban udar na vakufsku imovinu izvršen je Zakonom o raspolaganju stanovima i poslovnim prostorijama od 17. 2. 1945. i Zakonom o nacionalizaciji najamnih zgrada i građevinskog zemljišta od 28. 12. 1958. s obzirom na okolnost da su ti objekti predstavljali najveći dio vakufskog fonda u urbanim sredinama. Ovim zakonom Islamskoj (vjerskoj) zajednici oduzete su sve stambene i poslovne zgrade osim onih koje služe usko definisanoj vjerskoj djelatnosti (vjerski obredi, vjerski poslovi i stanovi vjerskih službenika).

SFRJ je Zakonom o nacionalizaciji oduzela vakufima svu imovinu izuzev džamija i onoga što je služilo isključivo usko vjerskoj svrsi čime su nestali razlozi za postojanje Vakufske direkcije. Tako se u Ustavu Islamske zajednice iz 1959. god. više ne spominje ni vakuf kao institucija i izvor prihoda imovine Islamske vjerske zajednice, a niti Vakufska direkcija koja je do tada brinula o vakufima.

Međutim, novim Ustavom Islamske zajednice iz 1969. godine u definiranju pojma imovine Islamske zajednice ponovo se uvodi pojam vakuf kao njena imovina. Ovo je vrlo značajno jer govori da se u međuvremenu za ovih deset godina desio novi broj uvakufljenja, pa je bilo neophodno vakufe spomenuti u Ustavu IZ i drugdje. Ova ustavna odredba obavezuje organe Islamske zajednice kao čuvare i korisnike vakufske imovine da ne zaborave na nacionaliziranu vakufsku imovinu i da stalno rade na novim uvakufljenjima.

Do ponovnog uspostavljanja Vakufske direkcije čekalo se 37 godina, kada su ostvareni neophodni uvjeti, prije svih politička sloboda koja je ostvarena nakon prestanka agresije na BiH. Vakufska direkcija je kao jedna od ustanova Islamske zajednice u Bosni i Hercegovini oživjela svoj rad Odlukom Sabora IZ u BiH 14. 06. 1996. god. (broj: 2486/96).

Prema Ustavu Islamske zajednice iz 1998. godine, a na osnovu člana 32., vakufskom imovinom u BiH upravlja Vakufska direkcija.

Od obnavljanja rada Vakufska direkcija najviše pažnje posvetila je restituciji i popisu vakufske imovine. U tom smislu Vakufska direkcija je organizirala okrugle stolove (1997), učestvovala u radu Koordinacionog odbora za povrat i kompenzaciju uzurpirane i devastirane imovine vjerskih zajednica u kojem su učestvovali predstavnici svih vjerskih zajednica i crkava, te je upućen Memorandum za povrat i kompenzaciju uzurpirane imovine najvišim nivoima vlasti (1997), organizirala peticiju podrške Islamskoj zajednici u BiH s ciljem provođenja naturalne restitucije gdje je prikupljeno oko 150.000 potpisa koji su uručeni OHR-u (2000).

Također, Vakufska direkcija je kontinuirano radila na donošenju zakona o restituciji (povrat vakufske imovine) i u lobiranju kod meritornih institucija i ustanova za sprečavanje donošenja negativnih zakonskih rješenja. U okvirima tih djelatnosti Vakufska direkcija učestvuje i u donošenju imovinsko-pravnih zakona iz oblasti stambene politike, usko vezanim s nacionaliziranim vakufskim nekretninama, tj. stanovima. Također, Vakufska direkcija aktivno djeluje i na postupke donošenja općinskih odluka koje se tiču vakufskih nekretnina, kao i na donošenje drugih akata iz djelokruga lokalnih zajednica povezanih s tim djelatnostima.

Vakufska direkcija je vodeća snaga u BiH, koja podstiče i preduzima mjere na donošenju zakona o restituciji, odnosno sprečavanju donošenja negativnih zakonskih propisa. Međutim, politička situacija u BiH je nepovoljna za pozitivna zakonska rješenja. Mada su zemlje u okruženju sve, ili većina njih, donijele Zakon o restituciji, Bosna i Hercegovina to nije učinila, a kako stvari stoje veoma teško će biti izlobirati donošenje pozitivnog zakonskog propisa. Međutim, Vakufska direkcija kod vladajućih struktura stalno insistira na donošenju zakona i konstantno sa predstavnicima vlasti održava sastanke.

Međutim bez obzira na činjenicu da vakufi nisu vraćeni te da je veliki broj vakufa u toku Agresije porušen, Vakufska direkcija je u saradnji sa muftijstvima i medžlisima nastojala iskoristiti postojeće kapacitete te obnoviti što više postojećih vakufa i izgraditi nove vakufe u skladu sa potrebama savremenog društva.