Nastanak vakufa u Bosni i Hercegovini usko je povezano sa osmanskim osvajanjem Bosne i Hercegovine i uspostavljanjem sistema državne vlasti na osnovama Šerijata. Pripremivši sve neophodne pretpostavke i iskoristivši sve novonastale okolnosti, Osmanlije su relativno lahko osvojile Balkan. Zavođenje osmanlijskog sistema vlasti u Bosni i Hercegovini je počelo postepeno još od dvadesetih - tridesetih godina XV stoljeća. Posebnu ulogu u tome je imalo Sarajevsko krajište. Nakon Kosovske bitke Vuk Brankovićje, ostavljen samome sebi, stupio u vazalski odnos prema sultanu te je morao 6.1.1392.g. predati Osmanlijama Skoplje sa još nekim svojim gradovima uz Bosanski drum. Skoplje tada postaje sjedište Osmanlijskog krajišta i polazna tačka za prodiranje u Bosnu. Na položaj namjesnika Sarajevskog krajišta 1414. g. dolazi Ishak-beg o čijem se porijeklu ništa pouzdano ne zna. Ishak-bega na položaju krajišnika 1439.g. su naslijedili njegovi sinovi, Barak i Isa-beg Ishaković. Osmanski krajišnici iz Skoplja su bili najistureniji sultanovi vojno-¬administrativni zastupnici prema zapadu. Kao takvi skopski krajišnici su odigrali presudnu ulogu u potkopavanju i rušenju srednjovjekovne Bosne. Bosna je neprekidno bila pod njihovim nadzorom i sve osmanske vojne i političke akcije prema njoj polazile su iz Skoplja. Na taj način Osmanlije postepeno uspostavljaju vlast na relaciji od Skoplja do Hodidjeda, srednjovjekovne tvrđave na prostoru kasnijeg Sarajeva. U toku 1434.-35.g. Ishak-beg je više puta pod raznim izgovorima sa pozivima ili bez poziva domaćih velmoža upadao u Bosnu. U periodu 1435. do 1448. g. skopski krajišnici su napokon učvrstili osnovne pozicije u jugoistočnoj Bosni. Kao primjer je i prva podignuta džamija u Ustikolini (Turhan Emin-begova džamija) tridesetih godina XV stoljeća, što je sigurno znak da su na tom području živjeli muslimani. Konačno zauzimanje tvrđave Hodidjeda 1448. g. predstavlja osnovicu  turske vlasti u Bosni. Zaposjedanjem Hodidjeda sultan je konačno dobio ključeve za konačno osvajanje Bosne. Na zaposjednutom dijelu Bosne Osmanlije su vjerovatno oko 1455. g osnovale Bosansko krajište kao svoju prvu vojnu jedinicu na bosanskom tlu. Na čelu krajišta je bio Ishak-beg Ishaković. Potkopavanjem Bosanskog kraljevstva tokom više decenija, sultan Fatih u proljeće 1463.g. na čelu velike vojne sile krenuo je u konačan pohod na Bosnu. Malobrojne posade Bosanaca, koje su se hrabro borile, takvoj sili se nisu mogle suprotstaviti.

Pad Jajca 1463. g. se smatra i konačnim osvajanjem Bosne od strane Osmanlija. Osvajanje cijele Bosne je trajalo još 130 godina i završeno je tek padom Bihaća 1529. godine. 

U ovom periodu širenja osmanske države osnovnu brigu države je predstavljala vojska i uprava, dok je rješavnje krupnih društvenih pitanja, kulturno-prosvjetnih, socijalnih i svih drugih, bilo prepušteno privatnoj inicijativi, uglavnom ustanovi vakufa.

Može se reći da je uloga vakufa naročito u ranijem osmanskom periodu bila u toj mjeri značajna da se razvitak gradova ne može odvojeno ni razmatrati od historijske uloge vakufa. Vakufski objekti raznih namjena, u kojima je bio koncentriran sav vjersko-prosvjetni, kulturni i privredni život muslimana, činili su urbane kosture svih gradova. 

Dolaskom Osmanlija na područje zatečenih varoši ili na drugim mjestima razvijaju se gradovi osmanskog tipa (kasabe). Jedna od institucija koja je najviše doprinijela razvitku gradova je «vakuf». Osnivanje gradova u osvojenim dijelovima teritorije je bilo jedino rezultat državne politike, dok se vakufi javljaju kao izvršioci te politike uvjetovani javnim potrebama, najviše strategijskim i komunikacijskim. To je razumljivo jer je osmanska država morala biti aktivna u formiranju gradova, koji su predstavljali ne samo centre organa vlasti i kulturnog života već su i svojom zanatskom privredom predstavljali prave radionice za vojsku. 

S' obzirom da je u osmanskom periodu osnivanje kasaba započinjalo obično izgradnjom džamija, a u nekim slučajevima derviških tekija, sa stanovišta ko je bio graditelj najranijeg kulturnog objekta na određenom lokalitetu, koje će postati kasaba, mogu se uočiti tri varijante: l.privatna-derviška, 2. vladarska (državna) i 3. privatna (feudalna). 

1. Značajni doprinos u širenju islama u osmanskom periodu dali su derviški redovi. Oni su išli u sastavu vojske i podizali svoje tekije (zavije). Tekije su privremeno bile u funkciji prometa i svratišta. Činjenica je da su derviši i u našim krajevima odigrali značajnu ulogu u prvobitnom širenju islama i osnivanju nekih naselja podizanjem svojih tekija. Ta komponenta naročito je bila vidljiva u istočnoj Rumeliji (Bugarska i Grčka) i Makedoniji gdje su Osmani bili doselili značajan dio svog stanovništva. U tek osvojenim tim krajevima derviši su početkom XV stoljeća na pogodnim putnim punktovima kao svratišta osnivali svoje tekije. Derviši su svoje zavije osnivali po vlastitom nahođenju, a kasnije su od sultana dobijali određenu zemlju za njihovo izdržavanje koju su zavještali za zavije i osnivali tako svoje vakufe. Kao primjer da je derviška komponenta bila vidljiva i u našim krajevima govore i činjenice. 

Jake pretpostavke govore da je i Sarajevo imalo takav početak. U prilog tome govore i dva derviška nišana iz 1462. g., a iz te godine datira i prva vakufnama Ishak-bega Ishakovića, zapovjednika Bosanskog krajišta. Ti nišani Ajni-dede i Šemsi-dede su prvobitno stajali uz malu džamiju sa drvenom munarom kod današnjeg Higijenskog zavoda. Uklanjanjem džamije nišani su preneseni u harem Ali-pašine džamije gdje i sada stoje. Datum njihove smrti govori da su oni živjeli prije nego je Ishak-beg sačinio prvu vakufnamu i da su vjerovatno bili osnivači prve zavije. 

Drugi primjer koji ide u prilog ovoj varijanti jeste osnivanje prvobitne zavije u Rogatici koja je nazvana Čelebi-pazar. Zaviju je osnovao derviš po imenu Muslihudin. Zemljište za tu zaviju mu je poklonio zaim tog područja Mehmed Čelebija, sin Ishak-bega Ishakovića. Očito da su Mehmed Čelebija kao i njegov otac protežirali derviše, kojima su i sami pripadali. 

Treći primjer je Visoko gdje je Bosanski sandžak-beg Ajas-beg tu prije 1489. g osnovao tekiju kao prvi muslimanski kulturni objekat. 

Iako značajna ova derviška komponenta je bila skromna, slabašna i kratkotrajna jer tamo gdje je i postojala dolazilaje ubrzo u sjenu službene islamske linije, jer kratko iza tekija su podizani drugi znatno vredniji i značajniji vakufski objekti, džamije, mesdžidi i dr.

2. Druga varijanta u formiranju gradskih naselja a time i osnivanju prvobitnih vakufa sastojala se u činjenici da su na raznim punktovima gdje su oformljivane kasabe kao prve značajne vakufske građevine podizane tzv. "carske džamije", koje su faktički bile državne.

Tako je od sedamdesetih godina XV stoljeća do sedamdesetih godina šesnaestog stoljeća, tj. od vladavine Mehmeda II do kraja vladavine Sulejmana II, bilo u Bosni podignuto 25 carskih džamija kojima su bili određeni temelji slijedećih kasaba: Sarajevo i Zvornik prije 1481.g., Foča, Rogatica, Višegrad, Srebrenica, Travnik, Prusac, Prozor i Nevesinje prije 1512.g., Knežina, Doboj, Stolac prije 1520.g., Jajce, Banja Luka, Donja Tuzla, Bijeljina, Gradiška, Kamengrad, Obarci, Glamoč, Dobrun, Blagaj kod Mostara i Jezero kod Jajca prije 1566.g. Kasnije je na rijeci Uni današnji Kulen-Vakuf osnovan podizanjem džamije Ahmeta (1603.-1617.). U svim navedenim slučajevima radilo se o najranije podignutim džamijama, koje su predstavljale početak urbanog formiranja spomenutih kasaba. Ima slučajeva gdje su u jednom mjestu bile podignute i po dvije carske džamije. Tako je u Zvorniku osim Fatihove džamije u predgrađu bila sagrađena i Sulejmanija džamija, koja je faktički predstavljala početak urbanog formiranja današnjeg Zvornika. U Rogatici je pored Bajazidove džamije bila podignuta i džamija Selima II 1573.g. Isto tako u jajcu je pored Sulejmanije džamije bio podignut i mesdžid na ime istog sultana. Da su navedene džamije bile faktički državne a ne sultanske ima više dokaza. One nisu imale svoje vakufe iz kojih bi se izdržavale, već su građene sultanskim naređenjima i službenici tih džamija su plaćani iz državnih para.

Nije pronađena niti jedna vakufnama koja bi se odnosila na carske džamije u Bosni i ni u jednoj vakufnami spomenutih sultana ne spominju se izgrađene carske džamije.

Za sarajevsku carsku džamiju se iz popisnih deftera vidi da su njeni službenici: imami, hatibi i mujezini bili timarlije dok su ostali troškovi: za osvjetljenje, prostirku i popravak isplaćivani iz državnih para. Kakav je bio postupak pri gradnji carskih džamija govori i sačuvani zapis Bajazidove džamije u Pruscu gdje u prijevodu stoji: "Po naređenju sultana Bajazida podigao je džamiju Skender-paša godine 893/1498., a obnovio kadija iz Akhisara godine 1010/1601.-2." Iz ovog natpisa je očigledno da su lokalni funkcioneri podizali džamije po naređenju sultana jer je to bio jedan od političkih načina kako doći do zadatog cilja osvajanja i uvezivanja osmanlijskog državnog sistema. Sve se to uklapalo u šire interese osmanskog carstva jer su gradovi predstavljali osnovni oslonac tadašnje države. Tako kada se u određenim uvjetima na određenim punktovima nije našao lokalni feudalac da iz svojih sredstava osnivanjem vakufa pospješi razvoj kasaba, tu se miješala država i pospješivala razvoj tih područja. 

3. Treću varijantu osnivanja kasaba odnosno vakufa u Bosni činili su lokalni feudalci. Osnivanje kasaba na ovaj način uvjetovale su razne potrebe kao što su sigurnost puteva i saobraćaja i sl. koje je utvrđivao nadležni kadija. U takvim slučajevima, vodeći se moralnim i ekonomskim razlozima, našli su se pojedini lokalni funkcioneri koji su obično služili na sultanovom dvoru u Istanbulu gdje bi kao imućni podizali ne samo džamije nego i čitave komplekse građevina u okviru svog vakufa, tako da su u veoma kratkom vremenskom periodu nicale kasabe sa svim nužnim objektima samo jednog osnivača. Imamo nekoliko primjera ovakvog načina osnivanja kasaba a time i prvih značajnih vakufa u Bosni. 

Na ovaj način je osnovan današnji Mrkonjić-Grad odnosno Varcar-Vakuf. Osnovao ga je hadži Mustafa-aga, sin Mehmed ¬bega, rodom iz istog kraja, koji je krajem XVI stoljeća bio na carskom dvoru kao upravnik sultanovog harema. On je oko 1592. g. kako se vidi iz njegove vakufname, podigao niz građevina: džamiju, mekteb, karavan-saraj, han sa 20 soba, 24 dućana i ednu pekarsku peć čime je to mjesto dobilo status kasabe. 

Na isti način je osnovana i kasaba Rudo na Limu, koju je osnovao Mustafa-beg Sokolović oko 1555.g. Tako je također osnovana i kasaba Glasinac kod Sokoca. Osnovao ju je neki lokalni funkcioner hadži Ibrahim-aga, 1589.g., koji je u okviru svog vakufa podigao: džamiju, karavan-saraj, mekteb i izvjestan broj dućana. Na identičan način osnovano je i niz drugih kasaba i značajnih vakufa u Bosni. Ova treća varijanta je najznačajnija u nastanku vakufa jer su na ovaj način nastali najznačajniji i najznamenitiji vakufi u Bosni. 

Iz naprijed navedenog je očigledno da su prvi vakufi u Bosni nastali kao jedan od najefikasnijih načina uspostavljanja teritorijalne cjelovitosti osmanske države na području Bosne.

To je bio jedini mogući način da se u nekadašnjim varošima Bosne i drugim mjestima koje su Osmanlije zauzele u Bosni osnuju ekonomski jake kasabe odnosno gradovi koji su služili osmanskoj državi, da se čvrsto instaliraju u Bosni koja je imala veoma značajnu ulogu u čuvanju osmanskog carstva od sjevernih susjeda. Osnivanje vakufa je između ostalog imalo i značajnu ulogu u islamizaciji stanovništva, jer je vakuf islamska institucija zasnovana na propisima Šerijata. Njihovim osnivanjem građeni su vjerski objekti džamije, jedan od osnovnih simbola osmanlijske države. 

Analizirajući tok nastanka vakufa u BiH može se uočiti da oni svoj pravi procvat doživljavaju u prvoj polovini XV i XVI stoljeća kada se pojavljuju i najznamenitiji vakifi kao što su: Ishak-beg Ishaković, Gazi Husrev-beg, Rustem-paša Opuković, Mehmed-paša Sokolović, Ferhad-beg Sokolović i dr. Uprkos svim nedaćama i presijama koje su vršene na vakufskoj imovini, pojedini vakufi ovih najznamenitijih dobrotvora su i danas sačuvani i služe svojoj svrsi.