Mjesto i ostaci graditeljske cjeline Kizlaragine džamije u Mrkonjić gradu proglašeno je nacionalnim spomenikom Bosne i Hercegovine od strane Komisije za očuvanje nacionalnih spomenika Bosne i Hercegovine na sjednici održanoj 03. 09. 2005. godine.

Utemeljenjem novog gradskog naselja na mjestu sela Gornja Kloka, u periodu između 30. decembra 1589. i 8. januara 1590. godine, nastaje kasaba Novo Jajce , koja će se kasnije, kroz nekoliko stoljeća, nazivati Varcar Vakuf. Tačan datum građenja džamije nije poznat, ali se prema podacima navedenim u dva dokumenta može približno odrediti period nastanka džamije. Naime, prema Kizlaraginoj vakufnami datiranoj iz džumadelahira 1003 (11-20. februar 1595. godine) jasno je da je džamija već bila sagrađena do tog datuma, a prema zapisima na šamadanima  iz 1001 (1592/1593), saznajemo da je džamija mogla biti sagrađena i prije 1592. godine. Sve upućuje na zaključak da je džamija nastala u periodu 1591-1595. godina. U posljednjoj agresiji Kizlaragina džamija zapaljena je i minirana 1993. godine, potom je srušena, a materijal je odvezen na deponiju smeća koja se nalazi na lokalitetu Grabež.

Muftijstvo Banjalučko je na osnovu projekta rehabilitacije objekta Kizlaragine džamije u Mrkonjić gradu urađenog od strane ''ARGE inženjering'' d.o.o. Banja Luka iz 2009. godine zatražilo i dobilo građevinsku dozvolu za rehabilitaciju predmetnog objekta, broj 15-361-63/10 od dana 20.04.2010. godine.

Rehabilitacija objekta je započeta 2013. godine u šestom mjesecu (juni) sanacijom postojećih temelja i trajala je do kraja 2014. godine kada je prekinuta zbog nedostatka finansijskih sredstava. U tom periodu je izgrađen objekat džamije, velika kupola, stubovi i lukovi trijema. Na zahtjev Muftijstva banjalučkog i MIZ Mrkonjić Grad Vakufska direkcija IZ u BiH je putem svojih partnera u Generalnoj direkciji vakufa Republike Turske obezbijedila sredstva za nastavak radova na ponovnoj izgradnji Kizlar agine džamije. Protokol o nastavku gradnje je potpisan u augustu 2018. godine između Vakufske direkcije IZ u BiH i Generalne direkcije vakufa Republike Turske.

Za Glavnog konsultanta je izabrano preduzeće SamaBursa Ins.Tic.Ltd.Sti. koje je prema svojim procedurama odabralo izvođača radova preduzeće Građevinar Fajić d.o.o. Mostar. Stručno tehnički nadzor kao i izrada izvedbenog projekta je povjerena projektnom birou Arhiplus d.o.o. Mostar. Zvaničan početak (nastavak) radova rehabilitacije objekta je bio 10.10.2018. godine i radovi su se aktivno odvijali do zimske pauze koja je nastupila 20.11.2018. godine. U ovom kratkom periodu su izvršene manje opravke zatečenih oštećenih elemenata i maltera te ozidane male kupole na trijemu objekta. Izvršeni su i raskopi postojećih temelja minareta.

Zimska pauza je zbog nepovoljnih vremenskih uslova trajala do 09.04.2019. godine. Ista pauza je iskorištena za analizu postojećeg stanja, izradu tehničke dokumentacije izvedbenog projekta, radioničke pripreme kamenih elemenata i sl. Izrada projektne dokumentacije je vrlo zahtjevna jer postoji vrlo malo tragova o predmetnom objektu. Jedan dio dokumentacije je nađen u Arhivu Bosne i Hercegovine i isti se koristi za što vjerniju izradu izvedbenog projekta rehabilitacije objekta i ispravke uočenih odstupanja i grešaka na zatečenom stanju.

Na objektu Kizlaragine džamije sanirani su i ojačani temelji minareta te ozidana šesterougaona baza minareta džamije od kamenih blokova sa spiralnim stepeništem prema datim nacrtima do kote +2.00. Trenutno se nanosi sloj krečnog maltera sa vanjske strane velike kupole i malterišu fasadni zidovi objekta. U unutrašnjosti objekta se postavljaju razvodi grubih instalacija slabe i jake struje a nakon toga će se svi unutrašnji zidovi malterisati krečnim malterom.

Izvedbeni projekat je u završnoj fazi pa će se i svi ostali elementi objekta moći istovremeno raditi (mihrab, makfile, mimber, vanjski i unutrašni ulazni portali, podne konstrukcije i parter objekta sa pomoćnim prostorijama i šadrvanom).

Dana 11.06.2020.godine stručno tehnički nadzorni tim je izvršio kontrolni pregled stanja radova ponovne izgradnje Kizlar agine džamije u Mrkonjić gradu.

Minaret džamije je ozidan sa spiralnim stepeništem prema datim nacrtima do kote cca +17.75 zajedno sa šerefom. Svi konstruktivni elementi džamije su ozidani i objekat je kompletan pokriven limom.

Unutrašnji zidovi džamije i centralna kupola su malterisani u dva sloja špric i grubi sloj i postavljeni su kablovi elektroinstalacija slabe i jake struje. Završena je zidarska obrada trompa i mukarnasa, obrađeni su kontakti vijenaca između kupole i tambura te zidova objekta, odnosno, prelasci sa četverougaone osnove na osmougaonu i kružnu osnovu.

Sa vanjske strane na svim zidanim elementima je izvedena fasada prema datim recepturama. Kameni vijenci, stubovi, uglovi, doprozornici (igle) i sl. su očišćeni i premazani zaštitnim premazima impregnacija (grund) za sprečavanje upijanja vlage kod jako upojnih i poroznih materijala.

U unutrašnjosti objekta je postavljena konstrukcija kamenog mihraba te je završena montaža kamenog ulaznog portala. Elementi mimbera i mahfila će se moći postaviti tek kada se ukloni unutrašnja radna skela.

Radovi na obnovi i ponovnoj izgradnji objekta se odvijaju u kontinuitetu bez prekida. Minaret džamije je u potpunosti završen i pokriven olovnim limom i sa postavljenjenim alemom. Svi konstruktivni elementi džamije su ozidani i objekat je u potpunosti prekriven limom. Unutar objekta i na ulaznom trijemu su postavljeni svi kablovi elektroinstalacija slabe i jake struje. Zidovi džamije i centralna kupola su malterisani i spremni za izradu podložnog sloja za oslikavanje objekta. Na vanjskoj strani objekta, na svim zidnim elementima je izvedena fasada.

Trenutno se izvode radovi u parteru objekta, zidaju se ogradni kameni zidovi, vrše iskopi i montaže drenažnog sistema i oborinske kanalizacije.

Svi izvedeni radovi su zadovoljavajućeg kvaliteta i obzirom na okolnosti i uslove rada teku prihvatljivom dinamikom.

Završetak radova na ponovnoj izgradnji i rehabilitaciji Kizlaragine džamije se očekuju ove godine.