Vakufska direkcija, kao jedna od ključnih ustanova Islamske zajednice u Bosni i Hercegovini, obnovila je svoj rad odlukom Sabora Islamske zajednice 14. juna 1996. godine.
Prema Ustavu Islamske zajednice iz 1998. godine, na osnovu člana 3., upravljanje vakufskom imovinom u Bosni i Hercegovini povjereno je upravo Vakufskoj direkciji, čime je potvrđena njena centralna uloga u očuvanju i unapređenju vakufskog naslijeđa.
Nakon povlačenja Osmanskog Carstva s ovih prostora, pojavili su se brojni problemi vezani za upravljanje vakufima. U cilju stabilizacije stanja, Austro-Ugarska je 1883. godine osnovala Zemaljsku vakufsku komisiju, koja je preuzela upravljanje vakufskim poslovima. Tada je uspostavljena jedinstvena vakufska administracija u Bosni i Hercegovini, čiji je prioritet bio sistematski popis postojećih vakufa.
Godine 1894. Austro-Ugarska uprava formira Zemaljsku vakufsku direkciju, koja je djelovala kao državna institucija u kojoj je sva vlast bila koncentrisana u rukama države. Iako je ova institucija efikasno funkcionirala, unapređivala vakufsku imovinu i izvršavala svoje zadatke, muslimani su bili nezadovoljni zbog potpunog izostanka svog učešća u njenom radu.
Zbog tog nezadovoljstva, Bošnjaci su 1899. godine pokrenuli borbu s ciljem osiguravanja autonomije u upravljanju trima ključnim segmentima važnim za očuvanje bošnjačkog identiteta: vjerskim, vakufskim i obrazovnim poslovima.
Austro-Ugarske vlasti su 1909. godine, nakon aneksije Bosne i Hercegovine, djelimično udovoljile tim zahtjevima donošenjem Statuta za autonomnu upravu islamskih vjerskih i vakufsko-mearifskih poslova. Prema odredbama tog Statuta, organi upravljanja vakufima postaju Vakufsko-mearifski sabor, kao vrhovno autonomno i nadzorno tijelo za sve vakufe u Bosni i Hercegovini.
Nakon Prvog svjetskog rata, uspostavljena je nova država – Kraljevina Srba, Hrvata i Slovenaca (SHS). Iako je preuzela obaveze međunarodnih ugovora, uključujući i garantovanje vjerskih prava muslimanima, vlasti su provele niz mjera kojima su sistematski otuđivana vakufska dobra, čime je znatno oslabljen i vjerski i ekonomski položaj muslimana.
Kraljevina SHS je provela tzv. „Mjere o agrarnoj reformi“ tokom perioda 1918–1939., kada je oduzeto oko četiri miliona dunuma vakufske i dodatnih dvanaest i po miliona dunuma beglučke zemlje – ukupno šesnaest i po miliona dunuma, što je činilo oko 27,6% ukupne površine Bosne i Hercegovine.
Nakon Drugog svjetskog rata, u periodu uspostave komunističkog sistema u Socijalističkoj Federativnoj Republici Jugoslaviji, izvršen je novi, intenzivan udar na vakufsku imovinu. Promjenom svojinskih odnosa i donošenjem niza zakona, izvršena je nacionalizacija i eksproprijacija vakufske imovine.
Putem zakona o nacionalizaciji iz 1946., 1948. i 1958. godine, stvoreno je državno vlasništvo u svim privrednim sektorima, uključujući i nekretnine. Zakon o nacionalizaciji privatnih privrednih preduzeća iz decembra 1946., sa dopunama iz 1948., postao je osnova za oduzimanje vakufskih mlinova, hotela, banja i drugih sličnih objekata.
Dodatni udar na vakufski fond bio je Zakon o raspolaganju stanovima i poslovnim prostorijama iz februara 1945. i Zakon o nacionalizaciji najamnih zgrada i građevinskog zemljišta iz decembra 1958. godine. S obzirom na to da su ti objekti činili najveći dio vakufske imovine u gradovima, Islamskoj zajednici su tim zakonima oduzeti svi stanovi i poslovni prostori, osim onih koji su služili isključivo za vjerske obrede, poslove i stanovanje vjerskih službenika.
SFRJ je gotovo potpuno lišila vakufe njihove imovine, osim džamija i objekata usko vjerske namjene. Time su nestali institucionalni razlozi za dalji rad tadašnje Vakufske direkcije, koja je usljed nacionalizacije i oduzimanja skoro svih vakufa 1959. godine – prestala sa svojim djelovanjem. U Ustavu Islamske zajednice iz te godine više se ne spominju ni vakuf kao institucija, ni Direkcija koja je do tada upravljala tom imovinom.
Ipak, promjene nastupaju 1969. godine. Novim Ustavom Islamske zajednice ponovno se uvodi pojam vakufa u definiciji imovine Islamske zajednice. To svjedoči o obnovi svijesti o važnosti vakufa i o činjenici da su se u prethodnih deset godina dogodila nova uvakufljenja. Spominjanje vakufa u Ustavu ima i obavezujući karakter – Islamska zajednica se podsjeća na nužnost zaštite nacionalizirane imovine i stalnog rada na novim uvakufljenjima.
Nakon gotovo četiri decenije čekanja, 1996. godine ostvareni su ključni uslovi za ponovno uspostavljanje Vakufske direkcije, prvenstveno kroz političku slobodu stečenu po okončanju agresije na Bosnu i Hercegovinu.
Danas Vakufska direkcija s ponosom obavlja svoju historijsku i savremenu misiju: zaštitu vakufske imovine na cijelom prostoru Bosne i Hercegovine, afirmaciju vakufa kao trajnog dobra – te istovremeno djeluje kao pokretač revitalizacije vakufa, obnove i konstituiranja novih vakufa, realizacije velikog broja vakufskih projekata u oblasti obrazovanja, zdravstva, kulture, privrede i socijalne skrbi. Time vakufi ponovo postaju snažan duhovni, ekonomski i identitetski resurs zajednice.
