Graditeljska cjelina Sinan-begove džamije u Čajniču je smještena u samom centru naselja.
Sinan-beg Boljanić je u Čajniču, prema njegovoj vakufnami iz 1582. godine, podigao džamiju oko koje se kasnije formirala mahala prozvana po njemu, Sinan-pašina mahala. Uz džamiju je podigao mekteb, tekiju sa musafirhanom, karavan-saraj, 22 dućana, dvije radionice za štavljenje kože i dva mlina na Janji u Čajniču. Podigao je mekteb u selu Njegošević; mostove na Janji u selu Međuriječje u nahiji Pribud u kadiluku Čajniče; mesdžid u kasabi Sopotu u Nevesinjskom kadiluku; mekteb, hamam i karavan-saraj u kasabi Cernik u kadiluku Velika u sandžaku Začasna; karavan-saraj i most u Priboju na Limu (Bosanski sandžak). Svi ovi vakufi su doprinosili općoj društvenoj koristi, odnosno ovi vakufi su udarili temelj početka razvoja ovog grada, odnosno temelj samog grada.
Sinan-beg Boljanić je umro 1582. godine i ukopan je u turbetu kraj svoje džamije u Čajniču.
Pored ovog turbeta u kompleksu Sinan-begove džamije preko puta same džamije postojalo je i drugo turbe Sinan-begovih srodnika. Turbe se od Sinan-begovog turbeta razlikuje samo dimenzijama i u pojedinim detaljima.
Ispred džamije bio je smješten šadrvan.
Objekat Sinan-begove džamije, zajedno sa svim ostalim objektima koji su sačinjavali graditeljsku cjelinu džamije, miniran je i u potpunosti srušen 1992. godine od strane srpskog agresora. Prostor na kojem se nalazila Sinan-begova džamija lokalno srpsko stanovništvo je koristilo za odlaganje smeća i za parking prostor, a ostaci džamije nakon miniranja odveženi su sa lokaliteta. Te 1992. godine kada je srušena džamija, centar grada Čajniča je ostao bez svog najstarijeg i najljepšeg dijela. Rušenjem se željela izbrisati historija Bošnjaka na tim područjima stara preko 400 godina.
Preko 400 godina Sinan-begova džamija je odolijevala i slijeganju tla, naletima i nanosu voda iz planina, velikom broju ratova, ali posljedni agresorski rat nije uspjela preživjeti.
Čajniče, historijski gradić, na krajnjem istoku Bosne i Hercegovine, na granici sa Crnom Gorom, stoljećima je bio grad i mjesto gdje su Bošnjaci živjeli i praktikovali svoju vjeru Islam. Prema popisu stanovništva iz 1991. godine na području Općine Čajniče živjelo je preko 4.000 Bošnjaka što je u ukupnom broju stanovnika predstavljalo oko 45 % stanovnika.
Danas u samom gradu skoro da nema Bošnjaka, skoro da ništa ne podsjeća na činjenicu da su Bošnjaci ovdje živjeli preko 400 godina i da su kroz ovaj grad i njegove mahale egzistirali dućani Bošnjaka.
Naša obaveza, obaveza svih Bošnjaka jeste ne dopustiti prekrajanje historije te ukazati na historijske činjenice. Sinan-begova džamija je historijska činjenica koje više na licu mjesta nema.
Kao obaveza svih nas, a naročito Islamske zajednice u BiH u smislu rekonstrukcije i ponovne izgradnje džamija koje su srušene u toku agresorskog rata, a naročito džamija koje imaju status kulturno historijskog spomenika, jeste i ponovna izgradnja Sinan-begove džamije u Čajniču. Kao svoju obavezu, kao obavezu proisteklu iz Osmanlijskog perioda u smislu zaštite i očuvanja osmanlijskih objekata bez obzira gdje se oni nalaze, prepoznala je i Generalna direkcija za vakufe Republike Turske.
U tom kontekstu 20.05.2015. godine potpisan je protokol između Vakufske direkcije Islamske zajednice u BiH i Generalne direkcije vakufa Republike Turske o ponovnoj izgradnji Sinan-begove džamije. Na ovaj način dvije vakufske direkcije su snažno i partnerski krenuli sa realizacijom projekta vraćanja gradu Čajniču njegove Sinan-begove džamije koja je bila nukleus nastanka i razvoja grada.
U prethodnom periodu urađen je projekat, dobijene potrebne dozvole i saglasnosti te je izabran izvođač radova. Samim time početak radova je mogao započeti. Uskoro će početak radova biti ozvaničen postavljanjem kamena temeljca.
Ovih dana u posjeti BiH i Vakufskoj direkciji Islamske zajednice u BiH borave predstavnici Generalne direkcije vakufa Republike Turske koji će nadgledati i kontrolirati realizaciju projekta ponovne izgradnje Sinan-begove džamije. U tom kontekstu su 21.06.2016. godine posjetili Čajniče i obišli lokalitet džamije. Na licu mjesta se moglo uvjeriti da je lokalitet potpuno očišćen te da se pristupilo otkopavanju temelja džamije kako bi se utvrdila njegova statika i stabilnost.
Na lokalitetu džamije održan je i prvi sastanak na kojem su bili pristuni predstavnici Vakufske direkcije Islamske zajednice u BiH, predstavnici firmi izvođača radova i nadzora.
U toku sastanka bilo je razgovora o planovima, dinamici radova, obezbjeđivanju adekvatnog kamena i dr.
Vrijednost projekta iznosi oko 4 miliona KM, a sva sredstva su obezbjeđena putem Vakufske direkcije Islamske zajednice u BiH, a od strane Generalne direkcije za vakufe Republike Turske.
