U periodu 1998–1999. godine Vakufska direkcija pokrenula je niz sporova u cilju sprečavanja uzurpacije vakufske imovine, a naročito na području RS-a. Pored redovnih postupaka pred redovnim sudskim instancama ona pokreće i niz postupaka pred Ombudsmenom za ljudska prava kao i pred Domom za ljudska prava BiH. Ovi procesi su pokretani za zaštitu vakufske imovine u Bijeljini, Zvorniku, Prnjavoru, Čajniču i drugim gradovima BiH.

Ove aktivnosti se mogu posmatrati sa dva aspekta. Prvi aspekt je zastupanje vakufa po pitanju njihove uknjižbe i upravljanja shodno pravilima i propisima Islamske zajednice. Kao što je naprijed navedeno, u cilju ispunjavanja ovog uvjeta doneseno je niz propisa u sklopu čijeg implementiranja jesu rješavana i druga važna pitanja. Jedno od njih je i uknjižba, kako postojećih, tako i novoformiranih vakufa. U sklopu tih aktivnosti Vakufska direkcija je učestvovala što aktivno, što neposredno u mnogobrojnim upravnim postupcima. Pod upravnim postupcima podrazumijevamo postupke prilikom donošenja regulacionih planova, eksproprijacije vakufskih nekretnina, izdavanja građevinskih odobrenja, kao i postupke bespravnih uzurpacija te povrata vakufskih nekretnina, shodno postojećim zakonskim propisima.

Ako govorimo o broju ovih postupaka, Vakufska direkcija je aktivno učestvovala u preko 2000 postupaka ove vrste.